Ambientada en 1949, dos años después de los eventos de la primera película, Japón intenta reconstruirse y recuperar la normalidad tras la devastación de la posguerra. Sin embargo, la aparente paz se derrumba al descubrir que Godzilla sobrevivió, regenerándose y regresando con mayor furia. Mientras el país se enfrenta a esta nueva pesadilla y a amenazas colosales adicionales, el ex-piloto Koichi Shikishima y los sobrevivientes deben retomar la lucha en una operación militar y estratégica definitiva para evitar la destrucción total.